Người Hoa đến khu vực đàng Trong sau khi nhà Thanh lật đổ hoàn toàn nhà Minh vào năm 1644. Những người ra đi thuộc thành phần "phản Thanh phục Minh" và những người bị triều đình nhà Thanh đàn áp. Người Hoa đến đàng Trong và được chúa Nguyễn đồng ý cho cư trú tại Cù lao Phố, Gia Định và một số địa điểm khác ở Nam Bộ. Cù lao Phố là một cù lao trên sông Đồng Nai, ngày nay thuộc thành phố Biên Hòa. Người Hoa đã lập chợ buôn bán, phố xá đông đúc ở đây. Năm 1778, quân Tây Sơn đã đàn áp những người Hoa ở Cù lao Phố do họ đã ủng hộ Nguyễn Ánh, việc đàn áp lại diễn ra vào năm 1782. Do đó, năm 1778, người Hoa từ Cù lao Phố đã chuyển đến Chợ Lớn mà người Hoa gọi là "Đề Ngạn".

Trong thời kỳ Pháp thuộc, việc buôn bán của người Hoa phát đạt do họ có quan hệ tốt với giới cầm quyền Pháp tại Đông Dương, nổi bật nhất là Quách Đàm, một nhà buôn người Hoa xây chợ Bình Tây. Trong thời kỳ Việt Nam Cộng hòa, cộng đồng người Hoa có quan hệ tốt với chính quyền và thường ủng hộ tài chính trong các kỳ tranh cử. Năm 1979, chiến tranh Việt-Trung tại biên giới nổ ra cùng với chính sách cải tạo kinh tế tại Việt Nam, lo ngại bị trả thù và bị thiệt hại kinh tế, nhiều người gốc Hoa đã vượt biên, làm thuyền nhân đến các nước trong khu vực Đông Nam Á. Kể từ khi Việt Nam cải cách mở cửa từ năm 1986, cộng đồng người Hoa đã có những bước phát triển vượt bậc về kinh tế, thương mại.